基础学院的前身是基础医学部，2004年7月更名为基础学院。基础学院负责管理生物技术系、生物医学工程系及药学系，下设3个系、15个教研室、3个实验中心和1个研究所。承担全校临床医学、医学检验学、医学影像等各专业本科生及研究生的公共课、公共基础课及专业基础课的教学工作。学院的药理学、病理学与病理生理学是省级重点扶持学科；机能实验学是省级精品课程；人体解剖学、病理学、生物化学是省重点课程；药理学、人体解剖学与组织胚胎学、病理学与病理生理学、生物化学与分子生物学、医学免疫学是硕士研究生培养点。近年来，基础学院承担多项市级以上科研项目，其中包括有国家863重大攻关项目和国家自然科学基金项目。

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